大豆前期生育过程中，主要的病虫害有花叶病和胞囊线虫病，达到指标时要及时进行防治。防治胞囊线虫病，首先要选用抗病品种与禾谷类农作物实行3～5年的轮作化学防治土壤需要用80%的二溴氯丙烷，每亩用药1～1.5千克，对水75千克，施于沟内，沟深20厘米，隔10～15天施药一次。然后就是防治花叶病，选育和利用抗病品种是主要防治措施，严格控制带毒种子调运，防治病区扩大，加强蚜虫防治，改善生产栽培管理，适期早播，清除田间杂草。
在大豆中期主要的病虫害，有蚜虫，食心虫，豆荚螟等。病害主要有胞囊线虫病和根腐病，在这些病害中，以食心虫和豆荚螟为害较重。防治豆荚螟主要是选用抗虫品种，实行合理轮作，也可利用赤眼蜂灭卵，每亩释放2万～3万只，化学防治可用每亩2.5%的敌杀死乳油25～30毫升，兑水50千克，进行喷雾。防治包胞囊线虫病，可选用抗病品种或与禾谷类农作物实行3～5年的轮作，化学防治使土壤是要用80%的二溴氯丙烷，每亩用药1～1.5千克，兑水75千克，均匀的施入沟内。
在大豆的各个生育时期，都应对相应的病虫害，实行集中的管控以免病虫害造成减产。在不同的地区，可选用不同的方式进行管理。
